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300346 HIV-1 TAT STIMULATORY FACTOR 1; HTATSF1
Alternative titles; symbols
TATSF1
TEXT
DESCRIPTION
Whereas most DNA sequence-specific transcription factors increase the rate of initiation and interact with enhancer or promoter DNA, human immunodeficiency virus-1 (HIV-1) Tat predominantly stimulates elongation and interacts with the trans-acting responsive (TAR) RNA element. Tat is essential for HIV replication.
Enquanto a maioria dos fatores de transcrição de seqüências específicas de DNA expandem a taxa de iniciação e interagem com intensificação ou promotor de DNA, a Tat do vírus 1 da imunodeficiência humana (HIV-1) predominantemente estimula o alongamento e interage com a trans-ativação do correspondente elemento TAR (RNA). A Tat é essencial para a replicação do HIV.
CLONING
By functional and biochemical purification of a Tat stimulatory factor, followed by microsequence analysis and screening of a monocyte cDNA library, Zhou and Sharp (1996) isolated a cDNA encoding HTATSF1. Sequence analysis predicted that the HTATSF1 protein has 754 amino acids. The N-terminal half of HTATSF1 contains 2 RNA-recognition motifs homologous to those in Ewing sarcoma protein (EWS; 133450) and FUS/TLS (137070), while the C-terminal half is rich in acidic amino acids, particularly glutamate and aspartate, and has several potential serine phosphorylation sites. Northern blot analysis revealed expression of a 3.0-kb HTATSF1 transcript in several cell lines. Immunoblot analysis showed that HTATSF1 is expressed as a 140-kD phosphoprotein in numerous cell types, suggesting that HTATSF1 may mediate a broadly active cellular process in addition to its essential role in Tat activation. Binding analysis showed that HTATSF1 weakly associates with TAR RNA. The association with TAR RNA was substantially enhanced by the presence of Tat.
Através da purificação functional e bioquímica de um fator de estímulo de Tat, seguido de análises de microseqüências e teste de monócito de uma biblioteca de cDNA, Zhou e Sharp (196) isolaram um cDNA codificador de HTATSF1. A análise da seqüência prognosticou que a proteína HTATSF1 tem 754 aminoácidos. O N-Terminal até a metade de HTATSF1 contém dois motivos homólogos de reconhecimento de RNA para a proteína do sarcoma de Ewing e para FUS/TLS, enquanto a metade C-Terminal é rica em aminoácidos acídicos, particularmente o glutamato e o aspartato, e tem vários sítios de serinas com potencial para fosforilação. Análises do teste do borrão ao norte (transferência de “northern”, explicação no final do texto) revelaram a expressão de um transcrito de HTATSF1 de 3.0-kb (quilolobites) em várias linhagens de células. Análises de immunoblot (marcadores imunológicos, explicação no final do texto) mostraram que a HTATSF1 é expressada como uma fosfoproteína de 140 kD (quilodaltons) em numerosos tipos de células, sugerindo que HTATSF1 pode mediar um amplo processo de atividade celular em acréscimo a seu papel essencial na ativação de Tat. Análises de ligações demonstraram que HTATSF1 associa-se debilmente com TAR RNA. A associação com TAR RNA foi substancialmente intensificada pela presença de Tat.

MAPPING
The International Radiation Hybrid Mapping Consortium mapped the HTATSF1 gene to the X chromosome (stSG31436). Ver a localização ao final do texto.
GENE FUNCTION
Fong and Zhou (2001) demonstrated that splicing factors function directly to promote transcriptional elongation. The spliceosomal U small nuclear ribonucleoproteins (snRNPs) interact with human transcription elongation factor TAT-SF1 and strongly stimulate polymerase elongation when directed to an intron-free HIV-1 template. Fong and Zhou (2001) suggested that this effect is likely to be mediated through the binding of TAT-SF1 to elongation factor P-TEFb (603251, 602506). Inclusion of splicing signals in the nascent transcript further stimulates transcription, supporting the notion that the recruitment of U snRNPs near the elongating polymerase is important for transcription. Because the TAT-SF1--U snRNP complex also stimulates splicing in vitro, Fong and Zhou (2001) proposed that it may serve as a dual-function factor to couple transcription and splicing and to facilitate their reciprocal activation.
Fong e Zhou (2001) demonstraram que fatores de corte por splicing funcionam para promover o alongamento functional. Os spliceosomos (estruturas especializadas que participam na remoção de íntrons e reunião dos éxons remanescentes do mRNA; além da transcrição primária do mRNA, pelo menos quatro RNA nucleares pequenos (snRNA) e algumas proteínas estão envolvidos. Dic Stedman) U pequenas ribonucleopriteínas nucleares (snRNPs) interagem com o fator de transcrição de alongamento humano TAT-SF1 e estimulam fortemente o alongamento da polimerase quando dirigidos a um íntron livre para o padrão do HIV-1. Fong e Zhou (2001) sugeriram que este resultado é provável por ser mediado através da ligação de TAT-SF1 ao fator de alongamento P-TEFb. A inclusão de sinais de splicing no transcrito nascente estimulou ainda mais a transcrição, fundamentando a noção de que o recrutamento de U snRNPs para perto do alongamento da polimerase é importante para a transcrição. Por que o complexo TAT-SF1—UsnRNP também estimulam o splicing “in vitro”, Fong e Zhou (2001) propuseram que isto serva com um fator de dupla função para transcrição emparelhada e splicing e para facilitar sua ativação recíproca.
OBS.:
A técnica “Transferência de Northern” é, para as moléculas de RNA, a mesma técnica desenvolvida em 1975 por E.M.Southern, chamada “Transferência de Southern”, ou Southern-blot que é uma transferêcia de segmentos da dupla fita de DNA clivada no ambiente de um gel de agarose para uma membrana de náilon ou nitrocelulose (ou papel). Essa membrana contendo os segmentos será mergulhada no gel de agarose e os segmentos de DNA ligam-se a ela. A finalidade é inserir uma sonda (é uma seqüência complementar ao gene, produzida a partir de um clone do gene procurado, e que é previamente marcada por hibridização, ou seja, contém uma seqüência suplementar para que possa ser identificada por um anticorpo), permitindo seu mapeamento, ou localização no plasmídio ou no cromossomo. (Livro consultado “Clonagem Gênica e Análise de DNA, uma Introdução. Cap 10. Pg 206, T.A.Brown)
IMUNOBLOT : processo que permite a separação de antígenos por eletrosforese, que aderem às camadas de nitrocelulose, onde se ligam de modo inespecífico e, a seguir, são identificados por coloração com anticorpos apropriadamente marcados. (dic. Stedman)


UniSTS:10313 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/sts/sts.cgi?uid=10313
RH48850
Homo sapiens chromosome X, locus HTATSF1
Macaca mulatta chromosome X, locus LOC693589
Pan troglodytes chromosome X, locus LOC465882
Found by e-PCR in sequences from Homo sapiens and Pan troglodytes.

Primer Information


Forward primer:
ACTCTTTTGTGGGGCCAAC
Reverse primer:
AGGCAATCCCGTAAGAGGAT
PCR product size:
155 (bp), Homo sapiens


Homo sapiens

Warning! This marker matched more than 2 locations on contig(s) by e-PCR.
Name:
RH48850
Also known as:
stSG31436

Cross References


Gene
GeneID:
27336

Symbol:
HTATSF1

Description:
HIV-1 Tat specific factor 1

Position:
Xq26.1-q27.2
UniGene
Hs.204475
HIV-1 Tat specific factor 1
RHdb
RH48850
Mapping Information


RH48850
Sequence Map:
Chr X
Map Viewer

Position:
135421031-135421185 (bp)

RH48850
Sequence Map:
Chr XCelera

Position:
135957006-135957160 (bp)

stSG31436
GM99-GB4 Map:
CrX

Position:
320.11 (cR3000)

Lod score:
1.59

Reference Interval:
DXS1047-DXS998 (150.3-183.8 cM)