OBS. O BOX é o sítio onde a enzima de transcrição se liga na fita codificadora, que é a fita anti‑senso. É o complexo de iniciação da transcrição, que, neste caso, compreende o conjunto:
R U5 PBS
tRNALys3


OBS. A segunda linha da figura demonstra o sítio de interação do tRNA com o PBS copiado em DNA, como reproduzido abaixo:
R U5 cppt ppt U3 R
RNA
-DNA

Este primeiro trecho de cópia em DNA é denominado (-)ssDNA. O trecho original composto de RNA com os sítios R, U5 e PBS, serão degradados. O (-)ssDNA vai se deslocar até a outra extremidade da fita de RNA, emparelhando o sítio R (em DNA) com o sítio correspondente R (em RNA), que fica ao lado de U3. A partir deste ponto ocorre o alongamento da fita de –DNA , ou seja, a cópia do RNA em DNA de uma fita somente. A fita de RNA original é degradada (exceto o cppt e o ppt) e na fase posterior a nova fita de DNA é duplicada através da formação de outro complexo de iniciação similar ao primeiro.

OBS. A pergunta do capítulo é:
Se na constituição das proteínas pode haver mais de um tRNA para cada aminoácido, já que apenas a correspondência no pareamento das duas primeiras bases do anticódon do tRNA com as segunda e terceira bases do códon do mRNA são o suficiente para a interação com o aminoácido, por que o vírus do HIV-1 não aceita no complexo de iniciação da transcrição reversa outro primer que não o tRNA específico para Lisina?

OBS. Trecho do livro “Genética um Enfoque Molecular”, de T.A.Brown, capítulo 9, pg. 98:
“De acordo com o que se tem dito até agora, é possível imaginar que há 6 tipos de moléculas de tRNA em cada célula, uma para cada um dos códons que especificam um aminoácido. Na verdade, sabe-se desde o início da década de 60 que há substancialmente menos de 61 moléculas de tRNA diferentes, geralmente entre 31 e 40, dependendo do organismo. A explicação para tal é dada pela hipótese de oscilação, que foi primeiramente exposta por Crick em 1966.
Esta hipótese baseia-se no fato de que uma alça anticódon é apenas isto, uma alça, e que o próprio anticódon não é um trinucleotídeo perfeitamente linear. A pequena dupla hélice formada por pareamento de bases entre o códon e o anticódon não tem, portanto, a configuração precisa de uma hélice de RNA padrão: em vez disso, suas dimensões estão ligeiramente alteradas. Como resultado podem se formar pares de bases fora do padrão na posição de oscilação (entre o prmeiro nucleotídeo do anticódon e o terceiro nucleotídeo do códon). Por tanto, um único anticódon pode ser capaz de formar pares de bases com mais de um códon, e um único tRNA pode decodificar mais de um membro da família de códons. Entretanto, as regras de pareamento de bases não são completamente flexíveis na posição de oscilação, e somente alguns poucos tipos de pares de bases incomuns são permitidos. Os exemplos mais comuns são os seguintes:
1. Pares de bases G-U
2. Inosina pode formar pares de bases com C, A e U. A inosina é uma forma desaminada de G (guanina). Em alguns tRNAs o nucleotídeo de oscilação do anticódon é a inosina.”

OBS. Se o tRna para Lisina traz o anticódon que, por pareamento, se liga ao códon em mRNA para este aminoácido, o mRNA (ou o RNA do HIV-1 no PBS) teria que ser, contando com as possíveis oscilações, AAG, AAA, ou AAC, enquanto o tRNA poderia ser UUC, UUU ou UUG, podendo aceitar o tRNA para AAU (aspargina)?

OBS. Aminoacilação do tRNA:
Cada molécula de tRNA forma uma ligação covalente com seu aminoácido específico por meio de um processo chamado aminoacilação ou associação. O aminoácido se torna ligado à extremidade do braço aceptor do trevo de tRNA. A ligação se forma entre o grupamento carboxila do aminoácido e o grupamento 3’-OH do nucleotídeo terminal do tRNA. Este nucleotídeo terminal é sempre A (adenina) pois todos os tRNAs possuem a seqüência : 5’ –CCA-3’ nas suas extremidades. ( In, Genética um Enfoque Molecular, de T.A.Brown.)

OBS. OMIM 590060 tRna Lys, Mitochondrial

Kinetoplastid protozoa, including Leishmania, have evolved specialized systems for importing nucleus-encoded tRNAs into mitochondria. Mahata et al. (2006) found that the Leishmania RNA import complex could enter human cells by a caveolin-1 (601047)-dependent pathway, where it induced import of endogenous cytosolic tRNAs, including tRNA-lys, and restored mitochondrial function in a cybrid harboring a mutant mitochondrial MTTK gene. Mahata et al. (2006) suggested that the use of protein complexes to modulate mitochondrial function may help in the management of mitochondrial tRNA-associated neuromyopathies.

OMIM 590060 tRna Lys, Mitochondrial
Segundo parágrafo
Tradução de Isabela Matheus

O protozoário kinetoplastidio, incluindo a Leishmania, tem envolvido sistemas especializados para importação de tRNAs codificados do núcleo para dentro das mitocôndrias. Mahata et al (2006) descobriu que o complexo de RNA da Leishmania pode entrar nas células humanas através de um caminho dependente da proteína caveolina-1, onde esta induziu a importação de tRNAs citosólicos endogenos, incluindo o tRNA lys, e restaurou a função mitocondrial num híbrido gene mitocondrial MTTK. Mahata et al. sugeriram que o uso do complexo proteico para modular as funções mitocondriais pode ajudar no gerenciamento das neuromiopatias associadas ao tRNA mitocondrial.

OMIM
189918 TRANSFER RNA LYSINE 1; TRK1
Alternative titles; symbols
tRNA LYSINE 1
Gene map locus 17p13.1

0023 HEMOPHILIA A [F8C, EX15DEL]
In a patient (JH29) with severe hemophilia A and a translocation t(X;17), Antonarakis et al. (1995) found deletion of exon 15.
O exon 15 foi translocado para o cromossomo 17.

(VOLTANDO AO TEXTO DO CAPÍTULO DE Truus E.M. Abbink and Bem Berkhout)

O molde é o genoma viral de RNA estabilizado/fortificado por uma seqüência de repetição nos terminais 5’ e 3’ (obs.: por poliadenilação ou AACAACAAC?). A reação enzimática é catalizada pela associação entre o vírus e a RT (transcriptase reversa) codificada pelo gene “pol” (obs.: de polimerase?). A RT é sintetizada como parte da proteína precursora de Gag-Pol, a qual é clivada pela protease (PR) codificada do vírus em proteínas estruturais e enzimas de replicação RT, PR e IN (integrase). Processamentos do precursor das proteínas ocorrem no momento ou logo após a recepção do vírus e sua potencialização.

OBS.: A figura 2 do livro demonstra claramente o sítio AAAA onde a seqüência complementar UUU do tRNA é ligada e as subseqüentes seqüências do PBS viral e sua correspondente de interação no tRNA, sendo o PBS : UGGCGCCCGAACAGGGAC e o anti-PBS no tRNA: ACCGCGGGUUGUCCCUG. Além destes sítios correspondentes, a figura realça o sítio PAS (Primer Activation Signal : sinal de ativação do promotor), no vírus é GGUCUCAG e no tRNA é CCAGGGTψ, demonstrando que existe um pareamento imperfeito sendo:

Vírus GGUCUCAG
Anti-Pas CCAGGGTψ.

Sendo assim, o vírus admite uma complementaridade imperfeita do tipo UG.

(OBS.: “Genética um Enfoque Molecular”, de T.A.Brown, capítulo 6, pg. 62/63
Todos os tRNA apresentam o característico trevo de tRNA, que traz as seguintes estruturas:
1. O braço aceptor, onde é ligado o aminoácido durante a síntese protéica;
2. O braço D ou DHU, que apresenta invariavelmente uma pirimidina modificada chamada diidrouracila;
3. O braço anticódon, que decodifica a informação trazida no mRNA;
4. O braço extra, opcional ou variável, que pode ser apenas uma alça de três a cinco nucleotídeos ou uma alça muito maior, de treze a vinte e um nucleotídeos com até cinco pares de bases na haste;
5. O braço TψC, que sempre traz esta seqüência de nucleotídeos, sendo o ψ uma pseudouracila, uma base modificada de pirimidina. Esse ψ também é chamado Pseudouridina )

O processamento de proteínas precursoras ocorre no momento ou brevemente após o momento da montagem do vírus e de sua potencialização. Isso sugere que a iniciação da transcrição reversa está restrita até que as partículas do vírus tenham se reunido. O mecanismo responsável por esta restrição é desconhecido, mas motivos seqüenciais e estruturas no padrão viral tem sido implicadas, assim como baixa concentração de dNTP dentro das partículas virais.

OBS.: ( dNTP é desoxinucleotídeo primer trifosfato.)